Идеята за построяването на Аквариума в гр. Варна принадлежи на Цар Фердинанд I, който на една вечеря в двореца Евксиноград възлага на д-р Парашкев Стоянов да започне работа по основаването на морска станция. Датата е 6 януари 1906 г.

През 1911 г. зданието е готово и предстои неговото обзавеждане. Започването на Балканската война, а по-късно и на Първата световна война попречват на довършването на морската станция и използването й за научни цели. Сградата на Аквариума, вместо да стане храм на науката, се превръща в квартира на войскови части, а после служи и за квартира на прокудените от родината си тракийски бежанци.

Предадена на Софийски университет през 1930 г., сградата е ремонтирана и през 1932 г. Цар Борис III официално открива Морската биологична станция. По този повод той казва: "[...] След тежката стопанска криза, която изживяваме заедно с всички народи, ние българите не спряхме да отделяме от скромния си залък за наука и просвета, чрез които да творим нови блага и да внасяме своята скромна дан в съкровищницата на общочовешката култура."

Пръв директор на станцията е Георги Паспалев, тогава асистент по зоология в СУ "Климент Охридски", а впоследствие професор и чл.кор. на БАН.

През 1932 г. в Созопол е открита Опитна ихтиологична станция, която по-късно е преместена във Варна. На 21 януари 1954 г. чрез постановление на министерския съвет се създава Научно-изследователски институт по рибарство и рибна промишленост, който обединява кадрите и материалната база на Морската биологична станция с Аквариума и Ихтиологичната станция. След многократно обединяване и разделяне с други институти по рибарство и след неколкократно променяне на името днес Аквариумът е част от "Институт по рибарство и аквакултури".