През 1656 г. турският пътешественик Евлия Челеби пише: "Градът е заобиколен от здрави крепостни стени и е твърде оживено морско пристанище, посещавано годишно от около 1500 кораба". По това време пристанището има само една дървена скеля, без вълнолом и кейови стени. Турското правителство прави няколко опита за проектиране на съвременно пристанище, но те остават неуспешни.

След Освобождението остро се чувства нуждата от модерно пристанище, което да обслужва разрастващата се търговия на младата българска държава. През 1888 г. правителството взема решение за строителството на Варненското пристанище.

Новопостроеният порт включва 1220 м главен вълнолом с височина 11,5 м, акватория от 21 хектара с дълбочина на входа 10 м, кей – 731 м, и пристанищна територия от 11 хектара.

Официалното откриване става на 18 май 1906 г. Пристанището поема значителна част от вноса и износа на страната. Още през 1907 г. в него са обработени 2162 кораба, внесени са 130 782 т стоки и са изнесени 226 451 т, което е 20 процента от целогодишния износ на страната.

Специфичната териториална структура на Пристанище Варна налага своя отпечатък върху морските подходи към отделните пристанищни съоръжения. Те са разположени както на открития морски бряг, така също по бреговете на Варненското и Белославското езеро, свързани с морето чрез изкуствени канали. След Стария канал, свързващ порта с Варненското езеро, в инфраструктурата са включени два нови канала, чрез които корабите достигат до пристанище Варна – запад. Пристанищният флот се състои от 11 влекача, 4 пилотски и 5 швартови лодки, стотонен плаващ кран "Антей".

Пристанищният район разполага общо с над 7000 м кейови стени и над 40 кейови места за обработка на търговски кораби.